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Gene Silencing

Potent & Specific Gene Knock-down by RNAi

siRNA-Pools (siPOOLs) sind komplexe Pools aus 30 optimal konzipierten siRNAs, die nachweislich effizient Off-Target-Effekte minimieren. Durch die sehr niedrige Konzentration jeder einzelnen siRNA werden off-target Effekte zuverlässig verdünnt. Gleichzeitig wird das Zielgen durch die kooperative Aktivität vieler siRNAs robust stillgelegt (Hannus et al., 2014). Der proprietäre Design-Algorithmus garantiert die Auswahl potenter siRNAs mit maximaler Transkript-Abdeckung und vermeidet die Verwendung paraloger Zielgen-Bereiche. siPOOLs erzeugen so zuverlässige zelluläre Effekte, die die Spezifität einzelner siRNAs und niedrig komplexer siRNA Mischungen deutlich verbessern.

Vorteile der siPOOLs:

  • Definierter Pool von 30 ausgewählten siRNAs
  • Extrem robuste und effiziente Zielgen Stilllegung
  • Maximale Zielgen-Spezifität
  • Verwendung der aktuellsten NCBI Annotationen des menschlichen Genoms (RefSeq release 214)
  • Gleichmäßig effiziente Stilllegung mehrere Zielgene durch siPOOL Kombinationen
  • Einsparung von Zeit und Geld durch die Vermeidung redundanter Experimente mit multiplen, unspezifischen einzel-siRNAs.

 

Hauptproblem: Off-Target-Effekte von siRNAs

Wissenschaftler haben die RNA-Interferenz (RNAi) als schnelles und effizientes Instrument zur Erforschung der Genfunktion eingesetzt. Doch die Off-Target-Effekte und die variable Performance von kurzen interferierenden RNAs (siRNAs) sind nach wie vor ein Nachteil, der wertvolle Zeit und Ressourcen für die Validierungsbemühungen verbraucht.

siPOOLs_miRNA-like-transcript-downregulationC0DvXxdz9u717

siRNAs binden in der Regel mit voller Komplementarität an Ziel-RNA-Transkripte und führen zu deren Abbau durch die RNAi-Maschinerie. Off-Target-Effekte werden weitgehend durch siRNAs verursacht, die endogene Genregulatoren, Mikro-RNAs (miRNAs), nachahmen. Da miRNAs nur eine 6-Basen-Sead-Sequence mit der 3'-untranslatierten Region (UTR) benötigen, um die Herunterregulierung eines Transkripts auszulösen, können siRNAs so die Expression zahlreicher unbeabsichtigter Ziele verändern.

 siPOOLs_How-siPOOLs-Improve-SpecifitycxwJYReGDOpsr

Einzelne siRNAs oder siRNA-Pools von geringer Komplexität, die 3 bis 4 siRNAs enthalten, treffen oft mehrere Off-Target-Gene und zeigen einen variablen Zielgen-Knockdown.

Kurze interferierende RNA-Pools (siPOOLs) sind hochkomplexe und definierte Pools von 30 siRNAs, wobei jede siRNA in einer picomolaren Arbeitskonzentration vorliegt.

Dies:

  • Schwächt die Off-Target-Signatur jeder siRNA ab und erhöht die On-Target-Spezifität.
  • Gewährleistet einen kooperativen Knockdown des Zielgens, was zu robusteren und zuverlässigeren Ergebnissen führt.

 

Optimiertes und detailliertes siRNA-Design

Mit definierten siRNA-Sequenzen innerhalb des siPOOLs kann das Targeting gegen bestimmte Transkript-Isoformen oder eng verwandte Gene optimiert werden. Proprietäre siRNA-Design-Algorithmen wählen die wirksamsten siRNAs auf der Grundlage thermodynamischer Eigenschaften aus, die die Ladung des Leitstrangs in den RNA-induzierten Silencing-Komplex (RISC) begünstigen (weitere Einzelheiten zum siPOOL-Design siehe Technote 2). Unter Verwendung der neuesten RefSeq-Annotationen und genomweiter Paralog-Filterung werden siPOOLs für eine maximale Abdeckung aller Zieltranskripte mit hoher Spezifität entwickelt.

 

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Potent & Specific Gene Knock-down by RNAi

siRNA-Pools (siPOOLs) sind komplexe Pools aus 30 optimal konzipierten siRNAs, die nachweislich effizient Off-Target-Effekte minimieren. Durch die sehr niedrige Konzentration jeder einzelnen siRNA werden off-target Effekte zuverlässig verdünnt. Gleichzeitig wird das Zielgen durch die kooperative Aktivität vieler siRNAs robust stillgelegt (Hannus et al., 2014). Der proprietäre Design-Algorithmus garantiert die Auswahl potenter siRNAs mit maximaler Transkript-Abdeckung und vermeidet die Verwendung paraloger Zielgen-Bereiche. siPOOLs erzeugen so zuverlässige zelluläre Effekte, die die Spezifität einzelner siRNAs und niedrig komplexer siRNA Mischungen deutlich verbessern.

Vorteile der siPOOLs:

  • Definierter Pool von 30 ausgewählten siRNAs
  • Extrem robuste und effiziente Zielgen Stilllegung
  • Maximale Zielgen-Spezifität
  • Verwendung der aktuellsten NCBI Annotationen des menschlichen Genoms (RefSeq release 214)
  • Gleichmäßig effiziente Stilllegung mehrere Zielgene durch siPOOL Kombinationen
  • Einsparung von Zeit und Geld durch die Vermeidung redundanter Experimente mit multiplen, unspezifischen einzel-siRNAs.

 

Hauptproblem: Off-Target-Effekte von siRNAs

Wissenschaftler haben die RNA-Interferenz (RNAi) als schnelles und effizientes Instrument zur Erforschung der Genfunktion eingesetzt. Doch die Off-Target-Effekte und die variable Performance von kurzen interferierenden RNAs (siRNAs) sind nach wie vor ein Nachteil, der wertvolle Zeit und Ressourcen für die Validierungsbemühungen verbraucht.

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siRNAs binden in der Regel mit voller Komplementarität an Ziel-RNA-Transkripte und führen zu deren Abbau durch die RNAi-Maschinerie. Off-Target-Effekte werden weitgehend durch siRNAs verursacht, die endogene Genregulatoren, Mikro-RNAs (miRNAs), nachahmen. Da miRNAs nur eine 6-Basen-Sead-Sequence mit der 3'-untranslatierten Region (UTR) benötigen, um die Herunterregulierung eines Transkripts auszulösen, können siRNAs so die Expression zahlreicher unbeabsichtigter Ziele verändern.

 siPOOLs_How-siPOOLs-Improve-SpecifitycxwJYReGDOpsr

Einzelne siRNAs oder siRNA-Pools von geringer Komplexität, die 3 bis 4 siRNAs enthalten, treffen oft mehrere Off-Target-Gene und zeigen einen variablen Zielgen-Knockdown.

Kurze interferierende RNA-Pools (siPOOLs) sind hochkomplexe und definierte Pools von 30 siRNAs, wobei jede siRNA in einer picomolaren Arbeitskonzentration vorliegt.

Dies:

  • Schwächt die Off-Target-Signatur jeder siRNA ab und erhöht die On-Target-Spezifität.
  • Gewährleistet einen kooperativen Knockdown des Zielgens, was zu robusteren und zuverlässigeren Ergebnissen führt.

 

Optimiertes und detailliertes siRNA-Design

Mit definierten siRNA-Sequenzen innerhalb des siPOOLs kann das Targeting gegen bestimmte Transkript-Isoformen oder eng verwandte Gene optimiert werden. Proprietäre siRNA-Design-Algorithmen wählen die wirksamsten siRNAs auf der Grundlage thermodynamischer Eigenschaften aus, die die Ladung des Leitstrangs in den RNA-induzierten Silencing-Komplex (RISC) begünstigen (weitere Einzelheiten zum siPOOL-Design siehe Technote 2). Unter Verwendung der neuesten RefSeq-Annotationen und genomweiter Paralog-Filterung werden siPOOLs für eine maximale Abdeckung aller Zieltranskripte mit hoher Spezifität entwickelt.

 

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