Potent & Specific Gene Knock-down by RNAi
siRNA-Pools (siPOOLs) sind komplexe Pools aus 30 optimal konzipierten siRNAs, die nachweislich effizient Off-Target-Effekte minimieren. Durch die sehr niedrige Konzentration jeder einzelnen siRNA werden off-target Effekte zuverlässig verdünnt. Gleichzeitig wird das Zielgen durch die kooperative Aktivität vieler siRNAs robust stillgelegt (Hannus et al., 2014). Der proprietäre Design-Algorithmus garantiert die Auswahl potenter siRNAs mit maximaler Transkript-Abdeckung und vermeidet die Verwendung paraloger Zielgen-Bereiche. siPOOLs erzeugen so zuverlässige zelluläre Effekte, die die Spezifität einzelner siRNAs und niedrig komplexer siRNA Mischungen deutlich verbessern.
Vorteile der siPOOLs:
- Definierter Pool von 30 ausgewählten siRNAs
- Extrem robuste und effiziente Zielgen Stilllegung
- Maximale Zielgen-Spezifität
- Verwendung der aktuellsten NCBI Annotationen des menschlichen Genoms (RefSeq release 214)
- Gleichmäßig effiziente Stilllegung mehrere Zielgene durch siPOOL Kombinationen
- Einsparung von Zeit und Geld durch die Vermeidung redundanter Experimente mit multiplen, unspezifischen einzel-siRNAs.
Hauptproblem: Off-Target-Effekte von siRNAs
Wissenschaftler haben die RNA-Interferenz (RNAi) als schnelles und effizientes Instrument zur Erforschung der Genfunktion eingesetzt. Doch die Off-Target-Effekte und die variable Performance von kurzen interferierenden RNAs (siRNAs) sind nach wie vor ein Nachteil, der wertvolle Zeit und Ressourcen für die Validierungsbemühungen verbraucht.
siRNAs binden in der Regel mit voller Komplementarität an Ziel-RNA-Transkripte und führen zu deren Abbau durch die RNAi-Maschinerie. Off-Target-Effekte werden weitgehend durch siRNAs verursacht, die endogene Genregulatoren, Mikro-RNAs (miRNAs), nachahmen. Da miRNAs nur eine 6-Basen-Sead-Sequence mit der 3'-untranslatierten Region (UTR) benötigen, um die Herunterregulierung eines Transkripts auszulösen, können siRNAs so die Expression zahlreicher unbeabsichtigter Ziele verändern.
Einzelne siRNAs oder siRNA-Pools von geringer Komplexität, die 3 bis 4 siRNAs enthalten, treffen oft mehrere Off-Target-Gene und zeigen einen variablen Zielgen-Knockdown.
Kurze interferierende RNA-Pools (siPOOLs) sind hochkomplexe und definierte Pools von 30 siRNAs, wobei jede siRNA in einer picomolaren Arbeitskonzentration vorliegt.
Dies:
- Schwächt die Off-Target-Signatur jeder siRNA ab und erhöht die On-Target-Spezifität.
- Gewährleistet einen kooperativen Knockdown des Zielgens, was zu robusteren und zuverlässigeren Ergebnissen führt.
Optimiertes und detailliertes siRNA-Design
Mit definierten siRNA-Sequenzen innerhalb des siPOOLs kann das Targeting gegen bestimmte Transkript-Isoformen oder eng verwandte Gene optimiert werden. Proprietäre siRNA-Design-Algorithmen wählen die wirksamsten siRNAs auf der Grundlage thermodynamischer Eigenschaften aus, die die Ladung des Leitstrangs in den RNA-induzierten Silencing-Komplex (RISC) begünstigen (weitere Einzelheiten zum siPOOL-Design siehe Technote 2). Unter Verwendung der neuesten RefSeq-Annotationen und genomweiter Paralog-Filterung werden siPOOLs für eine maximale Abdeckung aller Zieltranskripte mit hoher Spezifität entwickelt.
