RNA Ligasen
T4 RNA Ligase 1
… katalysiert die ATP-abhängige Ligation einzelsträngiger Nukleinsäuren (RNA oder DNA), indem sie einen Nukleinsäure-Donor mit 5'-Phosphoryl-Endgruppen an einen Nukleinsäure-Akzeptor mit 3'-Hydroxyl-Endgruppen durch die Bildung einer 3'→5'-Phosphodiesterbindung bindet.
Applikation:
- ATP-abhängige Ligation von einzelsträngiger RNA und einzelsträngiger DNA
T4 RNA Ligase 2
… katalysiert die Bildung von Phosphodiesterbindungen zwischen einem 5'-Phosphat und den 3'-Hydroxyltermini von RNA. Das bevorzugte Substrat ist „nicked“ doppelsträngige RNA, aber auch andere „nicked“ Nukleinsäurehybride können verschlossen werden. Die T4 RNA Ligase 2 benötigt ATP für ihre Aktivität, es sei denn, das Substrat ist am 5'-Ende präadenyliert.
Applikation:
- Nick-Ligation in doppelsträngiger RNA
- Ligation des 3'-OH der RNA an das 5'-Phosphat der DNA in einer doppelsträngigen NGS-RNA-Bibliothekskonstruktion (miRNA-Seq oder direktionale mRNA-Seq)
T4 RNA Ligase 2 truncated
… ligiert das präadenylierte 5'-Ende von DNA oder RNA an das 3'-Ende von RNA. Da das Enzym das 5'-Phosphat von RNA oder DNA nicht als Donor in der Ligationsreaktion verwenden kann, wird das präadenylierte 5'-Ende eines zu ligierenden Tags sehr spezifisch ligiert.
Applikationen:
- Ligation eines präadenylierten DNA- oder RNA-Sequenz-Tags an ein beliebiges RNA-3'-Ende
- Ligation eines einzelsträngigen präadenylierten Primers an RNAs zur Erstellung von cDNA-Bibliotheken (auch für strangspezifischer cDNA- oder small-RNA-Libraries)
